金門的朱子祠建於清乾隆四十五年（1780年），位於金城鎮浯江書院內，民國五十七年冬整修，目前列為金門縣的二級古蹟。
南宋的朱熹（1130〜1200），字元晦，一字仲晦，是我國繼孔孟之後，又一位極具代表性的思想家、哲學家和教育家，後代人皆尊稱為朱子；以朱子學發展的新儒學，是傳統文化的重要資產。他在宋高宗紹興十八年（1148年），十九歲時就登進士，宋人楊萬里的《淳熙薦士錄》推崇朱熹曰：「學傳二程，才雄一世，雖近于狷介，臨事過于果銳，若處以儒學之官涵養成就，必成異才。」紹興二十一年秋（1151年），首先派任同安縣主簿。朱熹在《朱文公政訓》曾自述戰戰兢兢的臨深履薄精神：「主簿就職內大有事，縣中許多簿書皆當管，某向為同安簿，許多賦稅出入之簿，逐日點對簽押，以免吏人作弊。時某人為泉倅簿書皆過其目，後歸鄉與說亦慒不知，他是極仔細官人，是時亦只恁呈過。」他認為平易近民是從政之本，第一以民事為重，其次便是軍政，即使是百姓的一件小事，也應真誠盡心對待：「某在同安作簿時，每點追稅必先期曉示，只以一幅紙截作三片，作小榜徧貼云，本廳取幾日點追甚鄉分稅，仰人鄉戶司知委，只如此到限近時，納者紛紛，然此只是一箇信而已，如或違限遭點，斷不恕，所以人怕。」這種擇善固執的行事風格，在他平日論述隨處可見：「官無大小，凡事只是一箇公，若公時做得來也精采，便若小官，人也望風畏服，若不公，便是宰相，做來做去，也只得箇沿下稍。」所以《閩書》上記載：「同安朱子之所教化，其君子勵節，小人任天，男力穡，女善為布」金門於宋熙豐間（1068年至1085年）開始設都圖，都有四，統圖九。此時隸屬同安縣綏德鄉翔風里轄區，正是朱子教化的地方，紹興二十三年（1153年），朱熹於同安城東溪西畔的孔廟增建經史閣、教思堂等四齋，激發當地學子文人勵志向上，從政者能見賢思齊，移風易俗。
在主簿同安五年的期間，朱熹喜歡遊覽山川、關心民瘼，好研堪輿。對所到之處的山川、風物人事的吟詠唱和詩作，閩南留有百餘首之多。金門人洪受的《滄海紀遺》一書中寫過：「文公嘗至鴻漸，嘆曰：『鴻漸腦已渡江矣！』又曰：『鴻漸反背皆是同，乃向浯也。』」洪受也轉錄明金門所鎮撫解智（浮濟廟誌）碑文內容，認定朱熹曾來到金門，且寫下（次牧馬候廟詩）曰：「此日觀風海上馳，慇懃父老遠追隨。野饒稻黍輸王賦，地接扶桑擁帝基。雲樹蔥龍神女室，崗巒連抱聖候祠。黃昏更上豐山望，四際天光蘸碧漪。」相傳朱熹在豐蓮山時，曾預言說：「此日山林，他日儒林。」故舊版《金門縣志》論言：「昔朱子主同安簿，觀風海上金門，親沐教化，故文章氣節，代有其人，而明科目之盛，尤甲於上都」。
由於朱熹在各地創立書院廣招生徒，並著書立說，形成他的理學思想體系深遠傳播，影響所及如《同安縣志》說的：「士先品行而後文章，故廉隅必飾，而志向必端。邑人士沐紫陽遺澤，其以氣節自高者，十居八九。」金門舊傳朱熹在燕南山建燕南書院，《滄海鎖錄》云：「朱子主邑簿，採風島上，以禮導民，浯既被化，因立書院於燕南山，自後家絃戶誦，優游正義，涵泳聖經，則風俗一丕變也。」雖歷八百年，金門地區猶敬信朱子之學，祭奠俱用朱文公家禮，儒者也多不惑，禮教風行，習俗淳厚，故有「海濱鄒魯」的稱譽。
生於福建尤溪的朱熹，祖籍徽州婺源（今屬江西省），但學於閩，成名於閩，與其弟子所創立的學派稱考亭學派，考亭地屬閩之建陽，其學派也稱閩學。自宋以來，後人為紀念朱熹，普設專祠，或祀學宮。清康熙年間推崇朱子之學，並升位孔廟十哲之次，於是朱學大行，閩南崇祀朱子更勝於他處。
清季金門文風漸微，有識之士力圖振興，推展朱子教化及創辦書院興學，都是影響地區文風的首選之舉。乾隆三十一年（1766年），官方以金門島嶼孤懸海外，兵民雜處，易滋生不法事案，移晉江縣分駐安海通判到金門。乾隆四十五年（1780年），把金門通判移駐同安縣馬家巷地方，所需通判衙署，初步欲將金門衙署移建，但舊署的材料大多損毀，拆遷運費繁多，鄉人黃汝試捐款請變價建為書院，即浯江書院，塑朱文公及先賢像祀之，後即稱之為朱子祠。中為講堂，祀文昌。前為大門、儀門。東西廊凡十六齋。道光十八年（1838年），福建興泉永巡道，翰林院編修出身的倪秀撰寫「浯江書院膏火碑記」提到朱子祠與書院的相互教化關係：「金門固人文之藪也，其地為紫陽過化，自宋元迄明，顯宦名儒先後接踵，科目尤甲於一邑，國朝登巍科隸仕版者不乏其人，斯地靈之獨鍾乎？抑亦庠序之培植風厲有以基之耳」。
光緒十九年（1893年），知馬巷廳事具官黃家鼎於浯江書院祭朱子及先儒，文中有：「憶公簿同，遺愛未渝，至今婦孺、飲食猶膢、況此浯江、公曾來居、存神過化、澤被海壖、明德匪遠，舊學猶兮，創為講院，絃誦喁于，莘莘俎豆，循循詩書，配享六子，為世璠璵，左則許（許升字順之）呂（呂大奎字圭叔）林（林希元字次崖）接其裾，右則王（王力行字近思）邱（邱葵字吉甫）許（許獬字鐘斗）踵其趺」失子祠配祀的六人都是閩南鄉賢；許升和王力行是朱子的門人、呂太奎為再傳弟子，捨生取義；邱葵，林希元及許獬都是金門人，品德高尚兼得朱子學派精華，配祀朱子祠為後人景仰效法。
民國成立後，朱子等塑像毀於五四運動，民國三十八年國軍進守金門、朱子祠中仍遺留殘破的祭祀龕物。民國五十三年金城鎮公所駐用朱子祠，並於講堂右廂建立辦公室。民國五十六年，在全國致力推行復興中華文化運動聲中，修建祠前浯江書院的講堂，前庭被修改為現代式平房，金門防衛司令部司令官於大門上親題「古浯江書院」。次年依照舊有格式，保留樑柱材料，內外整修為古典的學宮風格，同年十二月六日舉行落成典禮，邀請史學家錢穆和夫人胡美琦參加盛典，當晚並請錢穆在講堂主講「朱子學術」，之後陸續創設「四書講堂」系列講座，掀起金門地區讀古文經書的風潮。民國五十七年，社會教育館遷入浯江書院。民國五十九年朱子祠增建東廂一棟，民國六十年重建左邊廂房一列為社教館辦公室。民國六十六年前庭平房改造二層樓房，供作圖書閱覽室。民國六十九年，因講堂樑柱遭蟻柱腐蝕，依原樣改為不見木構造型式。民國七十三年，南廂房一列，撥給中正國小改建為教室，同年社教館遷往現今福建省政府所在地的中正圖書館，由救國團支隊進駐，僅保留樓上作為視聽圖書館，最後入駐的單位是軍訓處校外輔導室。金門縣政府民政局為重現朱子祠規制，將民國五十六年所建的前庭現代化二層樓房拆除，召集地區文史工作團體及台閩專家學者充分討論商議，決定整體規劃案，又經過初期、期中、期末等三次的審查定案，以恢復古書院儀門，迴廊相連接，並重建左右廂房為主軸，進行大規模的修復重建工程。民國九十五年，統合內部再利用工程的各方意見，決議朱子祠為祭祀空間，恢復講堂為朱熹講學的情境空間，並於左右牆面配置進士榜、武績榜及博士榜。東廂房定為朱熹行述館和管理室。西廂房定為朱熹與金門記事館及朱子學術研究室，蒐集相關的文獻資料。
雖然浯江書院歷經多次的改建變遷，朱子祠始終能保持原貌風格。朱子祠的祠額「朱子祠」為錢穆所書，祠中懸掛胡美琦繪描的朱子遺像，畫像兩旁為朱子生前書題福州鼓山名勝聯句拓本，聯曰：「鳶飛月窟地，魚躍海中天。」祠中左右兩壁掛有錢穆所撰的「朱子生平」與「朱子學術」，各有五百餘字。浯江書院大廳內的四週，掛滿金門歷代鄉賢的匾額及進士題名錄與武功題名錄。正中央的「海濱鄒魯」匾額，即在紀念朱子教化遺訓，才能興起文風盛世。當年修建朱子祠的目的，也是希望藉朱子學派的傳承，來弘揚先賢的文化道統。朱熹的學術思想，走過八百年的歷史，依然為世人推崇不渝，金門是朱子的教化之地，修建朱子祠，更能重現金門人文薈萃的久遠意義。
